Школа начала свое существование в 20-е годы прошлого века. До 1920г. детей учиться в другие села не отправляли, а местный мулла обучал грамоте лишь мальчиков в своем доме. В 1920 году была построена первая школа, училось в ней 80 детей. Новая восьмилетняя школа появилась в 1961г.
В разные годы Кызылбаевскую школу возглавляли Иштиряков К.С., Муратова А.Ш., Гайсин Н.М., Мурзина А.Б., Назырова Р.Х.
С 2003 года на протяжении 19 лет, школу возглавляла Ефимова Т.В.
Постановлением Администрации Шатровского района от 12.09.94г. № 308 «О регистрации учреждений народного образования Шатровского района» школа была зарегистрирована как Кызылбаевская неполная средняя школа. Школа работала со старой печатью и штампом.
Постановлением Администрации Шатровского района от 05. 01.98г. № 3-17 на базе Кызылбаевской неполной средней школы создано Муниципальное образовательное учреждение «Кызылбаевская основная общеобразовательная школа» с ведением новой печати и штампа.
Постановлением Администрации Шатровского района № 3-17 от 05.01.98г. зарегистрирован Устав школы принятый на общем собрании трудового коллектива школы 19.01.97г. протокол № 1.
Распоряжением Администрации Шатровского района от 05.08.2003г. № 123 – р «О реорганизации образовательного учреждения «Кызылбаевская основная общеобразовательная школа» реорганизовано муниципальное образовательное учреждение «Кызылбаевская средняя общеобразовательная школа».
Школа получила Свидетельство серии 45 № 000441099 о постановке на учет в налоговом органе как юридическое лицо. ИНН 4523003170, КПП 452301001. Дата регистрации 26.09. 2003г.
Школе выдана лицензия А – 095591, регистрационный № 61 от 30 января 2004г., продленная до 30 января 2009г.
Приказом Главного управления образования Курганской области № 535 от 23.03.09 выдана лицензия (регистрационный № 1053 серия А № 287660) на право ведения образовательной деятельности на пять лет, до марта 2014г.
Лицензия была переоформлена в связи с изменением наименования ОУ, адреса и с установлением бессрочного действия приказом Правительства Курганской области Главного управления образования Курганской области № 2185 от 17.11.2011 (регистрационный № 1053 серия 45 № 000630).
Приказом Главного управления образования Курганской области № 53 от 16.01.07 ОУ получило свидетельство о государственной аккредитации (регистрационный № 1255, серия АА 027509) на срок аттестации – до декабря 2011г.
Приказом Правительства Курганской области Главного управления образования Курганской области № 2291 от 30.11.2011 ОУ выдано свидетельство о государственной аккредитации (регистрационный № 1255, серия ОП 010449) и приложение к нему на срок до 28 ноября 2023г.
Общим собранием МКОУ «Кызылбаевская средняя общеобразовательная школа» протокол №1 от 11 декабря 2009г. был принят новый Устав, с измнением наименования учреждения, с ведением новой печати и штампа. Полное наименование: муниципальное общеобразовательное учреждение «Кызылбаевская средняя общеобразовательная школа», сокращенное наименование – МКОУ «Кызылбаевская СОШ».
